用量反応曲線からEC50 / IC50を算出
Origin/Proでは、簡単に用量反応曲線フィッティングを実行し、EC50/IC50 を算出できます。この動画では、複数データセットをぞれぞれフィットする際にパラメータを共有してフィットする方法(グローバルフィット)や、複数データを1つのデータセットとして統合してフィットを実行する「連結フィット」の操作をご案内しています。
※字幕付き動画(音声なし)
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操作方法
- サンプルデータを開き、最初にX値を対数変換します。A列のF(x)=セルに、log(this) と入力し、Enter キーを押すと変換できます。
- B~D列を選択し、下のツールバーの「散布図」ボタンをクリックして作図します。
- グラフがアクティブな状態で「解析:フィット:シグモイド曲線フィット」メニューからダイアログを開きます。
- 関数カテゴリとして「Growth/Sigmoidal」が選択されているので「関数」ドロップダウンから関数を選択します。DoseResp、Boltzmann、Logistic関数などでEC50/IC50を算出できます。ここでは、「DoseResp」をフィット関数として選択します。
- 3つのプロット全てを入力データとして設定します。左パネルで「データ選択」の項目を選択して開きます。「入力データ」の右側にある矢印ボタンをクリックして「現在のレイヤの全てのプロットを追加する」を選びます。
- 各フィット曲線でパラメータを共有するために、「複数データフィットモード」を「グローバルフィット」に変更します。
- 「パラメータ」タブを開き、A1とA2の「共有」にチェックを付け、「値」にそれぞれ0と100を入力します。
- LOGx0も「共有」にチェックを付けます。
- 「フィット」をクリックして実行します。一回反復ボタンをクリックすることで少しずつ処理を進めることもできます。
- パラメータ表にそれぞれのパラメータとEC20、EC50、EC80などの派生パラメータの値が出力されます。
- グラフからフィットを実行したので、グラフ上にフィット曲線のプロットやフィット結果の表が追加されています。
- 今回のような複数のYデータがある場合は、統合してフィットを実行する「連結モード」も利用できます。
- 今度はワークシートデータから実行してみるので、B~Dの列を選択します。
- 「解析:フィット:シグモイド曲線フィット」を選択してダイアログを開きます。
- 「関数」ドロップダウンリストで「DoseResp」を選択します。
- ワークシートからフィットを実行したので、ダイアログ下パネルの「フィット曲線」タブでプレビューを確認できます。
- 左パネルの「データ選択」をクリックして開き、「複数データフィットモード」で「連結フィット」を選択します。
- 左パネルの「フィット曲線」の項目をクリックして開き、「グラフタイプ」を「平均, SD」にします。プレビューを確認すると各行の平均値の散布図が標準偏差を示すエラーバー付きで表示されます。
- 「フィット」をクリックして実行します。一回反復ボタンをクリックすることで少しずつ処理を進めることもできます。
- 3つのデータを連結したデータのフィット結果がパラメータ表に表示されます。レポートシート上にあるグラフをダブルクリックすれば通常のグラフウィンドウとして表示、編集できます。