EViewsで行う感染症の時系列モデリング

一般化ロジスティクス・ゴンペルツ成長曲線のフィット

1. 上でシミュレーションしたシリーズを非線形フィットします。まずメニューからAdd-ins > Download Add-insと操作し、アドインTSEPIGROWTHをダウンロードします。
   
2. Add-ins > TSM for Epicdemic Growthと操作し、TSEPIGROWTHの設定ダイアログを開きます。左上のname of the seriesにはフィットしたい系列、ここではinfectedを入力します。シリーズinfectedは新規の感染者数なので、Use cumulated sum of the seriesにチェックを入れます。Growth rateドロップダウンリストでは、累積感染者数の成長率を定義します。Logarith of rate of changeはlog(ΔY_t/Y_t-1)、Logarithmic rate of changeはΔlog(Y_t)です。その下のラジオボタンでは、モデルを、Generalized Logistic、Gompertz、Dynamic Gompertzから選択します。
   介入期間がある場合は、Intervention/Policy periodに開始日と終了日を入力します。設定が終わったらOKをクリックしてフィットします。
   
3. ロジスティクス曲線またはゴンペルツ曲線のフィット結果が表示されます。成長率はCHANGEの値に対応します。
   

1. 感染者数のデータをWHOのデータベースからダウンロードし、EViewsに取り込みます。
   
2. アドインTSM for Epicdemic GrowthでGompertz、Gompertz with intervention、dynamic Gompertzのそれぞれのモデルにフィットします。
   
3. フィットが終わったら、モデルの成長率を新しいシリーズとして作成します。Proc > Make Signal Series...と選択して、ラジオボタンでSmoothed: Signal Seriesを選択し、左側でシリーズ名を入力します。この操作をそれぞれのモデルで繰り返します。
   
4. 比較のために実際の成長率のシリーズを作成します。Quick > Generate Series...と操作して、growth = log(d(cumulative_cases)/cumulative_cases(-1))と入力します。
   
5. シリーズgrowthが用意できたら、予測した3つのシリーズと合わせてグラフを作成します。