3次元の問題を扱うのは容易なことではありません。FlexPDEの使いやすさはこれまでも改良されてきましたが、それでも3次元の問題のセットアップと実行には2次元の問題にFlexPDEを適用する際の数多くのノウハウが前提となります。先行するセクションをスキップして直接ここに飛び込むのはお勧めできません。

FlexPDEは2次元のドメインを第3の次元に押し出す（extrude）形で3次元ドメインを構成します。この第3の次元をさらにレイヤ分けすることが可能です。その場合、それぞれのレイヤに別個の材質特性や境界条件を持たせることが可能です。レイヤ間の境界面は平面でなくても構いませんが、その形状には多少の制約が付きます。

ドメイン定義プロセスとは異なり、FlexPDEによってこのような3次元ドメイン内に構成される有限要素モデル自体には汎用性があります。