2次元の問題の場合にはblobの熱伝導率をblobに対するREGION定義の中で指定しましたが、このアプローチは3次元の場合にも適用されます。
違いは適用対象となるLAYERについても指定が必要となる点です。具体的には次のようにLAYER修飾した文節内で伝導率を指定します。
REGION 2 'blob' { the embedded blob }
LAYER 'Can' K = 0.001
START 'ring' (R,0)
ARC(CENTER=0,0) ANGLE=360
このようなLAYER修飾型文節を使わなかった場合には、指定された伝導率はリージョン2上に位置する全レイヤに適用されることになります。結局パラメータ定義がどのREGION内で行われたか、及びそのときのLAYER修飾項が適用対象となる3次元区画(compartment)を特定するわけです。
次の図では6つの異なる区画に対して(Region, Layer)の組みを示してあります。

このようにBOUNDARIESセクション内でそれぞれの区画に対するパラメータ値を再定義する場合には次のような指定方法を取ってください。
BOUNDARIES
REGION 1
params(1,all)
{ parameter redefinitions for all layers of region 1 }
LAYER 1
params(1,1)
{ parameter redefinitions restricted to layer 1 of region 1 }
LAYER 2
params(1,2)
{ parameter redefinitions restricted to layer 2 of region 1 }
LAYER 3
params(1,3)
{ parameter redefinitions restricted to layer 3 of region 1 }
START(,) .... TO CLOSE { trace the perimeter }
REGION 2
params(2,all)
{ parameter redefinitions for all layers of region 2 }
LAYER 1
params(2,1)
{ parameter redefinitions restricted to layer 1 of region 2 }
LAYER 2
params(2,2)
{ parameter redefinitions restricted to layer 2 of region 2 }
LAYER 3
params(2,3)
{ parameter redefinitions restricted to layer 3 of region 2 }
START(,) .... TO CLOSE { trace the perimeter }
{ ... and so forth for all regions }
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