FlexPDEは問題の特質を記述したテキストファイル形式のスクリプトを読み込みます。簡単な問題であればスクリプトは非常に短いもので済みます。しかし複雑な問題になるとFlexPDEの機能に精通した上でスクリプトを記述しなくてはならなくなります。

以下の議論においてはFlexPDEのより簡潔な機能からスタートし、その後より複雑な機能を徐々に追加して行くことにします。

FlexPDEにはスクリプトエディタが組み込まれているので、それを用いてスクリプトの作成が行えます。作成されたスクリプトを編集し実行、さらに編集を加え実行という一連の操作を満足の行く結果が得られるまで繰り返すことになります。作成されたスクリプトは保存しておけるので後日再利用したり、あるいは別のスクリプト開発のベースとして使用することができます。

与えられた問題を定式化する上で最も簡便な方法は類似の問題に対する既存のスクリプトをコピーして利用する方法です。

既存のスクリプトをベースにするにせよ、あるいは全く新規に作成するにせよ、次の5つの項目については設定を行う必要があります。

これらのステップについては後続のセクションで説明します。具体例としては簡単な2次元の熱流体問題を用いることにし、FlexPDEの最も基本的な要素に対するスクリプトの設定から話を始めることにします。後半のセクションでは徐々にスクリプトを拡充し、FlexPDEのより高度な機能について見てゆくことにします。3次元の問題については2次元での考え方が基盤となるため、章を改めて説明を行います。