2次元直交座標系に加え、FlexPDEは軸対称な場合に円柱座標系 -- (r, z) または (z, r) -- を用いた問題も扱うことができます。

円柱座標系を使用はCOORDINATESセクションで宣言します。XCYLINDERとYCYLINDERという2種類の様式が選択できます。両者は表示に際しての向きが異なるだけです。

いずれの場合でも座標軸の名前を（横軸、縦軸）の形で指定することができます。デフォルトの設定は次の通りです。