Diamond  ギャラリー

Diamondでの結晶構造図の作図例

見たい図をクリック!

このページには、Diamondを使って作成した結晶構造の立体図の出力例と実際のデータファイルを掲載しています。データファイルはDiamond形式です。データファイルは、Diamondの体験版をインストールして実際にご自分のパソコン環境で開くことができます。

Diamondでデータファイルを開くと、結晶構造をいろいろな方向から眺め回したり、表示モデルや色を変更するなど、図に手を加えることも可能です。Diamondがどのように使えるのか、ぜひお試しください。

以下の図をクリックすると、詳細情報に移動します。それぞれの結晶構造図について、Diamond形式のデータファイルもダウンロードできます。

 
01.スピネル構造 02.ボロン 03.水素結合 04.ヘモグロビン
05.表面吸着 06.ゼオライト 07.対称性の表現
 

Diamondによる結晶構造ギャラリー

01. スピネル構造のConvex cavity

ここをクリックしてDiamond形式(DSF形式)のデータをダウンロード : spinel.dsf (41KB)

MgAl2O4のスピネル型構造では、Alイオン(青色)が八面体の空洞の50%に相当する空洞を占有するのに対し、Mg-イオンは酸素のフレーム(緑色の四面体)の中の空洞を占有します。

Diamondで、このような結晶構造での占有されていない空間を表現するには、半透明の等位なポリヘドラの中心にダミー原子を配置します。ダミー原子は、原子の半径を0に設定することで、表示されないようにします。

02.αボロンの非局在化した結合

ここをクリックしてDiamond形式(DSF形式)のデータをダウンロード : boron.dsf (251KB)

ボロンの20面体の2つの層の間を見てください。上の層は緑色の破線は、20面体間の三中心二電子結合を表現しています。Diamondでは、ダミー原子を利用してこれを表現しています(構造データはICSDから得たものです)。

03. 水素結合を表現

ここをクリックしてDiamond形式(DSF形式)のデータをダウンロード : ice.dsf (9KB)

04. ヘモグロビンの活性中心

ここをクリックしてDiamond形式(DSF形式)のデータをダウンロード : hemoglobine.dsf (327KB)

ヘモグロビン分子の内側にある鉄原子の周囲10オングストロームを表示すると、酸素運搬の原因となる領域についての幾何学的な詳細を見ることができます(PDBから得たデータです)。

05. 小分子の表面吸着

ここをクリックしてDiamond形式(DSF形式)のデータをダウンロード : surface.dsf (41KB)

直交座標系のXYZ形式のデータを使うと、ほかのソフト(モデリングプログラムなど)とのデータ変換が簡単にできます。この例は、CO分子が、Cu3Ptの(111)面にあるPt原子に配位した状態を表しています。この表面の部分の図は、Diamondで作成されました。

06. ゼオライトの配位重合

ここをクリックしてDiamond形式(DSF形式)のデータをダウンロード : faujasite.dsf (41KB)

07. 対称要素の表現

ここをクリックしてDiamond形式(DSF形式)のデータをダウンロード : symmetry.dsf(41KB)

Diamondには対称性を自動的に表現するような特別な機能はありませんが、この画像のように対称性を表現することが簡単にできます。この例は、六方晶の過酸化リチウムについて、対応する鏡面と六回回転軸を表現したものです(空間群:P-6、ICSDからのデータ)。

Diamond 3体験版(試用版)で結晶構造データをご覧ください!

上の結晶構造ファイル(Diamond独自のdsf形式)のファイルを、Diamondの体験版で開いて、実際にお試しいただけます。固定の画像が見られるだけでなく、視点や結晶の表示範囲、大きさ、色などを自由に変えることができます。

体験版には以下の機能制限がありますが、使用期間の制限はありません。いつでもインストール、アンインストールができるので、お気軽にお試しください。

< Diamond3体験版の制限事項 >

  • 体験版ではデータをDiamond形式で保存できません
  • 「Save as .. 」コマンドでほかのファイル形式にエクスポートすることはできます
  • 構造図をプリントアウトと画像ファイルとして保存するときに、画像に体験版であるという注意書きが書き込まれます
体験版のダウンロードはこちらから...

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